在1492年11月哥伦布到达新大陆时，玉米仅仅存在于美洲。当时玉米是印第安人最重要的粮食作物，没有玉米就不可能有印第安人的文明。经近代农民的选择和育种家工作，玉米获得了更高产的性状，成为世界上最重要的饲料作物和粮食作物之一。[25]任何野生的种子植物都有它自己的种子散布方法，使其后代得以延续。现代玉米是高度驯化的作物，它的种的延续完全依赖于人类。玉米的果穗在生物学上是一种畸变的类型，它能产生大量的种子，然而不具备散布其种子的方法。在自然条件下掉落地上的果穗在有利于萌发的条件下任其萌发、生长，就会产生一丛过分密集的幼苗，它们之间在有限的空间里争夺土壤水分和营养，以致全都不能正常发育结实。因此，现代玉米如果没有人的干预不用几代就会灭绝。只有经过人的收获、脱粒和播种，它们才能保存下来。玉米果穗是人类为了自身的需要经过长期的选择育种创造出来的，一切野生植物和其他植物都没有这样的果穗。但是玉米原先必定是从某种野生植物进化而来。[25]有研究认为，玉蜀黍起源于南美洲中部的亚马孙河流域，如秘鲁、巴西、玻利维亚等。但也有人研究认为中美洲的墨西哥、危地马拉、洪都拉斯等也是玉蜀黍的原产地。其中，在墨西哥发现的“大刍草”，有研究说它是各种玉蜀黍类型的祖先。近代，考古学家已在墨西哥，南美洲的秘鲁、哥伦比亚、巴西等，从古墓和废墟里，先后发现了玉蜀黍果穗等证据，据测定约有7000年至5000年历史。其中，还有印第安人崇拜玉蜀黍的雕塑神像。[12]起源用生物进化观点来探讨玉蜀黍的近缘祖先及其演变为现代玉蜀黍的过程。栽培玉蜀黍的野生祖先是一种类玉蜀黍。[25]玉蜀黍族（Maydae）内的植物共有7个属，其中玉蜀黍属（zea）和摩擦禾属（Tripsacu）原产美洲。与玉蜀黍有关是类玉蜀黍（Teoste），俗称大刍草，分类上原为类蜀黍属（Eua），已改为Zeaxia。它包括6个一年生的野生种家族，分布于墨西哥、危地马拉、洪都拉斯的广大地域内，与玉蜀黍有很低的亲缘关系，在植株外形和花序器官等方面与玉蜀黍也有相似之处。[25]从生态习性来看，类玉蜀黍和玉蜀黍一样，是12-13小时短日照的一年生喜温植物。作为一种野生草类，它分布于墨西哥中部玉蜀黍最初驯化的同一地区内。而大多数摩擦禾的种都是多年生野草，具有密集的根茎，这是栽培玉蜀黍从来没有出现过的性状。细胞学观察表明，墨西哥类玉蜀黍和栽培玉蜀黍的配子染色体基数相同，都是n=10，而摩擦禾的相应基数是n=18。在现代栽培玉蜀黍和墨西哥类玉蜀黍的小孢母细胞中，粗线期染色体上的染结往往分布于染色体的近中部位；在摩擦禾和危地马拉类玉蜀黍的相应染色体上则以顶端染结为主，说明与玉蜀黍染色体特征有明显的不同。用人工方法更容易进行类玉蜀黍和栽培玉蜀黍的杂交，在其杂种一代中双亲的相应染色体可以联会成对，呈现同源性，导致良好的结实。[25]类玉蜀黍在中美洲逐步驯化为栽培玉蜀黍以后，不同玉蜀黍种簇间会经常发生杂交，产生形形色色的变异类型。分布于美国中西部玉蜀黍带的最高产马齿型玉蜀黍，就是由北部硬粒型玉蜀黍和南部典型深马齿玉蜀黍杂交和选择的产物。[12]分类学玉蜀黍的近缘种：分类学上玉蜀黍（ZeaaysL.）属于禾本科（Graeae）玉蜀黍族（Maydeae）玉蜀黍属（zeaL.）。玉蜀黍族由7个属组成，其中2个属——玉蜀黍属和磨擦禾属（TfipsacuL.）起源于西半球。另5个属——薏苡属（CoiscL.）、流苏果属（aeR.Br.）、硬皮果属（SchleraeR.Br.）、三裂果属（TrilobaeHenr.）和多裔黍属（PolytocaR.Br.）起源于东半球。[25]
理论假说关于玉蜀黍的起源存在5个主要理论假说和几个次要的理论假说。[25]有稃玉蜀黍理论有稃玉蜀黍理论是法国博物学家Sat-Hi-ire1829年提出的。当时有人从巴西送了一种独特的玉蜀黍类型给他，这种类型的籽粒被颖片包被，他将它描述为一种新变种Zeaaysvar.tunicata，认为这种类型是玉蜀黍的自然状态，推测其原产地在南美，可能是巴拉圭。有稃玉蜀黍理论当时引起科学家的注意，由于有稃类型与正常玉蜀黍之间只有一个单基因的差别，它在形态上与玉蜀黍草（grass）、类大刍草有稃型（teopod）等畸形玉蜀黍类型相似，但它不具备野生禾草的特征，在野外不能存在，许多人对这一理论持反对意见（Mange-lsdorf，1974）。[25]共同祖先理论1906年Montgory首先提出玉蜀黍和大刍草起源于一个共同的祖先。1918年Wea-therwgx认为不仅是玉蜀黍和大刍草，还有摩擦禾，这3种植物按照达尔文所描述的通常的趋异进化方式由一个共同祖先传下来。这3种植物都有很多未发育的结构，它们是进化过程中失去的器官的痕迹，如果这些结构能得到充分的发育，这3种植物